Visi Badan Nasional Pengelola Perbatasan adalah:

 “Terwujudnya Tata Kelola Perbatasan Negara Yang Efektif Dalam Rangka Perwujudan Kawasan Perbatasan Negara Sebagai Halaman Depan Negara Yang Berdaya-Saing”

Misi Badan Nasional Pengelola Perbatasan yang ditetapkan merupakan peran strategik yang diinginkan dalam mencapai visi diatas yaitu: 

1. Meningkatkan efektifitas dalam penetapan kebijakan dan program pembangunan perbatasan;
2. Meningkatkan efektifitas dalam penetapan rencana kebutuhan anggaran pengelolaan perbatasan negara;
3. Meningkatkan efektifitas dalam fasilitasi dan koordinasi pelaksanaan pengelolaan perbatasan negara;
4. Meningkatkan efektifitas dalam pelaksanaan evaluasi dan pengawasan pengelolaan perbatasan negara; 

Sejalan dengan visi dan misi  di atas, Badan Nasional Pengelola Perbatasan telah menetapkan tujuan yang ingin dicapai pada periode 2015-2019, yaitu:

1. Peningkatan peran sekretariat tetap BNPP dalam penetapan kebijakan dan program pembangunan perbatasan;
2. Peningkatan peran sekretariat tetap BNPP dalam penetapan rencana kebutuhan anggaran pengelolaan perbatasan Negara;
3. Peningkatan peran sekretariat tetap BNPP dalam fasilitasi dan koordinasi pelaksanaan pengelolaan perbatasan Negara;
4. Peningkatan peran sekretariat tetap BNPP dalam pelaksanaan evaluasi dan pengawasan pengelolaan perbatasan negara.